SMK Negeri 46 dahulunya adalah SMEA 20 Kelas Jauh yang berdiri sejak tahun 1979 yang kemudian menjadi SMEA Negeri 28 dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 280/1983 tertanggal 28 Juni 1983.
Kepala Sekolah yang pernah memimpin:
1. Pins Cipto Wardoyo, kemudian SMEA Negeri 28
2. Victor Pangaribuan, Pada masa kepemimpinan beliau, disiplin guru sangat tinggi, karena beliau tegas dan sangat mengayomi anak buah
3. Zulkifli Pane, Beliau mantan Kepala Sekolah KPA yang dibubarkan.
4. Veronika Tuti Tresnati, pada masa kepemimpinan beliau SMEA Negeri 28 Jakarta berubah nama menjadi SMK Negeri 46 Jakarta dengan SK Menteri Pendidikan nomor: 036/O/1997 tertanggal 7 Maret 1997.
5. H. Sunarto, Beliau sangat mendahulukan semangat kebersamaan dalam lingkungan sekolah.
6. Efrida Noerdin, MT, Pada zaman kepemimpinan beliau sekolah mengungsi ke Gedung SD 04 Bali Mester yang sudah lama tidak digunakan sehingga tidak memiliki aliran listrik
7. H. Ismail, M.Pd., enam bulan dipengungsian dan pada tanggal 4 Januari 2010 Gedung baru mulai digunakan. Untuk memenuhi kekurangan meja dan kursi siswa kita penuhi dari SMA 77 yang kebetulan menerima bantuan meja dan kursi siswa. Tugas berat menanti karena dengan adanya gedung baru, maka kualitas belajar mengajar serta kualitas tamatan harus bertambah.
8. Rivai Siri, pada saat kepemimpinan beliau tingkat keterlambatan siswa yang tadinya mencapai 50-60 siswa perhari menyusut sampai 5 bahkan pada hari-hari tertentu mencapai 0,Pagar pembatas lapangan beliau bangun untuk mengendalikan agar siswa tidak berkeliaran keluar gerbang sekolah walau saat istirahat sekalipun, sekali gus memberikan keleluasaan dalam berolah raga untuk tidak takut bola memecahkan kaca jendela.
9. Syamsiar, beliau melanjutkan kepemimpinan sebelumnya
10. Sutaryo,SPd, beliau membangun Bussiness Center untuk tempat praktik siswa Pemasaran sekaligus menambah kesejahteraan para guru dan karyawan dan beliau mulai membuka jurusan DKV (Disain Komunikasi Visual)
11. Oman Sunarman, beliau memajukan SMKN-46 kearah yang lebih baik meningkatkan IT dengan adanya BK on line, pemberdayaan Web sekolah dan ujian berbasis CBT (Computer bases test)
12. Oom Siti Halimah, beliau mulai meningkatkan karakter siswa ke abad 21 dengan 4C Critical tinking Colaborasi , Creatifity dan Comunication serta membangun budaya literasi, meningkatkan sarana dan prasarana pendidikan termasuk pendirian teaching Factory sebagai upaya untuk meningkatkan prestasi akademik dan non akademik dengan mengikutsertakan peserta didik dalam lomba-lomba.
